Source : EurekAlert
Traduit par l'équipe Les-Crises
Les décideurs politiques et le grand public débattent actuellement de l'origine du SARS-CoV-2, le virus qui provoque le Covid-19. Bien que les chercheurs considèrent les chauves-souris comme les hôtes naturels les plus probables du SARS-CoV-2, les origines du virus ne sont toujours pas claires.
Le 10 mai, dans la revue Current Biology, les chercheurs décrivent un coronavirus de chauve-souris récemment identifié qui est le plus proche parent du SARS-CoV-2 dans certaines régions du génome et qui contient des insertions d'acides aminés à la jonction des sous-unités S1 et S2 de la protéine de pointe du virus d'une manière similaire au SARS-CoV-2.
Bien qu'il ne soit pas un précurseur évolutif direct du SARS-CoV-2, ce nouveau virus, RmYN02, suggère que ces types d'insertions apparemment inhabituelles peuvent se produire naturellement dans l'évolution des coronavirus, affirment les chercheurs.
« Depuis la découverte du SARS-CoV-2, un certain nombre de suggestions infondées ont été faites selon lesquelles le virus serait originaire d'un laboratoire«, déclare l'auteur principal Weifeng Shi, directeur et professeur à l'Institut de biologie des agents pathogènes de la première université de médecine de Shandong en Chine.
« En particulier, il a été proposé que l'insertion du S1/S2 est très inhabituelle et peut-être indicative d'une manipulation en laboratoire. Notre article montre très clairement que ces événements se produisent naturellement chez les animaux sauvages. Cela fournit des preuves solides que le SARS-CoV-2 n'est pas une évasion de laboratoire«.
Les chercheurs ont identifié le RmYN02 à partir d'une analyse de 227 échantillons de chauves-souris prélevés dans la province du Yunnan, en Chine, entre mai et octobre 2019. « Depuis la découverte que les chauves-souris sont le réservoir du coronavirus du SARS en 2005, on s'intéresse beaucoup aux chauves-souris en tant qu'espèces réservoirs de maladies infectieuses, notamment parce qu'elles sont porteuses d'une très grande diversité de virus à ARN, dont les coronavirus«, explique M. Shi.
L'ARN des échantillons a été envoyé pour un séquençage métagénomique de nouvelle génération au début du mois de janvier 2020, peu après la découverte du SRAS-CoV-2. Sur l'ensemble du génome, le plus proche parent du SARS-CoV-2 est un autre virus, appelé RaTG13, qui a été précédemment identifié chez des chauves-souris dans la province du Yunnan.
Mais RmYN02, le virus récemment découvert ici, est encore plus étroitement apparenté au SARS-CoV-2 dans certaines parties du génome, y compris dans la plus longue section codante du génome appelée 1ab, où ils partagent 97,2% de leur ARN. Les chercheurs notent que RmYN02 ne ressemble pas de près à SARS-CoV-2 dans la région du génome qui code le domaine de liaison du récepteur clé qui se lie au récepteur ACE2 humain que SARS-CoV-2 utilise pour infecter les cellules hôtes. Cela signifie qu'il n'est pas susceptible d'infecter des cellules humaines.
La principale similitude entre le SARS-CoV-2 et RmYN02 est la découverte que RmYN02 contient également des insertions d'acides aminés au point de rencontre des deux sous-unités de sa protéine pique. Le SARS-CoV-2 est caractérisé par une insertion de quatre acides aminés à la jonction de S1 et S2 ; cette insertion est unique au virus et a été présente dans tous les SARS-CoV-2 séquencés jusqu'à présent. Les insertions dans RmYN02 ne sont pas les mêmes que celles dans le SARS-CoV-2, ce qui indique qu'elles se sont produites par des événements d'insertion indépendants. Mais un événement d'insertion similaire survenu dans un virus identifié chez les chauves-souris suggère fortement que ces types d'insertions sont d'origine naturelle. « Nos résultats suggèrent que ces événements d'insertion qui semblaient initialement très inhabituels peuvent, en fait, se produire naturellement chez les bêtacoronavirus animaux«, déclare M. Shi.
« Notre travail jette davantage de lumière sur l'ascendance évolutive du SARS-CoV-2«, ajoute-t-il. « Ni le RaTG13 ni le RmYN02 ne sont les ancêtres directs du SARS-CoV-2, car il existe encore un fossé évolutif entre ces virus. Mais notre étude suggère fortement que l'échantillonnage d'un plus grand nombre d'espèces sauvages révélera des virus qui sont encore plus étroitement liés au SARS-CoV-2 et peut-être même à ses ancêtres directs, ce qui nous en dira long sur la façon dont ce virus est apparu chez l'homme«.
Source : EurekAlert
Traduit par l'équipe Les-Crises
Source : Futura Sciences
Le coronavirus baptisé SARS-CoV-2 - celui qui est responsable de cette maladie que le monde connaît désormais sous le nom de Covid-19 - a émergé en Chine, il y a plusieurs mois déjà. Mais son origine continue de faire débat. Aujourd'hui, des chercheurs affirment que rien ne permet de supposer qu'il n'est pas d'origine naturelle.
« Depuis la découverte du coronavirus SARS-CoV-2 - responsable du Covid-19 -, un certain nombre de rumeurs non fondées ont couru, suggérant qu'il aurait été créé en laboratoire, rappelle Weifeng Shi, professeur à l'Institut de biologie des agents pathogènes de la Shandong First Medical University (Chine) dans le communiqué. Il a notamment été mis en avant une caractéristique particulière - une insertion d' acides aminés - qui pourrait être l'indication d'une manipulation humaine. Mais nos travaux montrent très clairement que ce type d'insertion peut se produire dans la nature ».
Rappelons que depuis la découverte que les chauves-souris étaient le réservoir du SRAS en 2005, les chercheurs se sont beaucoup intéressés à ces animaux de la nuit. Cette fois, l'équipe de Weifeng Shi a analysé 227 échantillons de chauve-souris prélevés dans la province du Yunnan, en Chine, entre mai et octobre 2019. Les chercheurs y ont découvert un nouveau coronavirus de chauve-souris qui partage avec le SARS-CoV-2, 97,2 % de son ARN sur certaines parties de son génome.
Toujours en quête de l'ancêtre du SARS-CoV-2
Or ce coronavirus baptisé RmYN02 présente des insertions d'acides aminés similaires à celles observées sur le coronavirus responsable du Covid-19. Celles que les rumeurs présentaient comme la preuve de sa manipulation dans un laboratoire. Le fait que ces insertions soient similaires mais pas identiques à celles observées sur le SARS-CoV-2 indique qu'elles se sont produites lors d'événements d'insertion indépendants. Et suggère que de tels événements qui semblaient très inhabituels peuvent bien se produire naturellement.
Considérant l'ensemble des génomes, le coronavirus le plus proche du SARS-CoV-2 reste celui que les chercheurs appellent RaTG13. Mais ni lui ni RmYN0 ne sont des ancêtres directs de celui qui nous inquiète aujourd'hui. Les chercheurs estiment toutefois qu'en échantillonnant plus d' espèces sauvages, ils pourraient réussir à trouver un ancêtre du SARS-CoV-2 et comprendre comment il a émergé chez l'Homme.
Source : Futura Sciences