Bactéries, archées, protozoaires, champignons, et même virus, les micro-organismes sont essentiels à la vie. Le corps humain est composé de plus de microbes que de cellules, tandis qu'une seule poignée de terre vivante contient plus de micro-organismes qu'il y a d'êtres humains sur la planète. En agriculture, ils sont déterminants pour la fertilité des sols. Ils facilitent notamment l'assimilation des nutriments par les végétaux. La santé du sol, comme celle du microbiote intestinal, repose sur la diversité et l'équilibre de la communauté microbienne, qui régule la prolifération des pathogènes.
Les scientifiques ont commencé à isoler, identifier et cultiver des bactéries dès le XVIIIe siècle. Pourtant à ce jour, on estime que moins de 1% des microbes du sol ont été caractérisés, et on est encore loin de comprendre la complexité des interactions entre les micro-organismes et leurs écosystèmes. On conçoit néanmoins que l'harmonie symbiotique dans laquelle nous coévoluons est un équilibre fragile. Rompre cet équilibre par l'introduction massive de micro-organismes génétiquement modifiés et programmés pour répondre à des préoccupations productivistes, pourrait avoir des répercussions catastrophiques.
Les micro-organismes génétiquement modifiés ou MGM, suscitent cependant la convoitise de l'industrie biochimique à plus d'un titre. Ils sont tout d'abord recherchés en tant qu'outils. En effet, la multiplication très rapide des bactéries permet de les utiliser comme de véritables usines de fabrication d'enzymes, destinés à de multiples filières, comme l'industrie agro-alimentaire ou pharmaceutique. Ils entrent déjà dans la fabrication de nombreux additifs alimentaires, acides aminés, édulcorants, colorants ou vitamines. Aux États-Unis, de la présure fabriquée grâce à des MGM provenant à l'origine d'un brevet Pfizer, serait utilisée dans plus de 90% des fromages. Tandis qu'en œnologie, des levures génétiquement modifiées sont autorisées pour la fermentation du vin made in USA.
En Europe également, les produits incluant des MGM dans leur processus de fabrication figurent sur les rayonnages des magasins. Un habile subterfuge linguistique a en effet permis, dès 2004, de contourner la législation européenne sur les OGM, la Directive 2001/18, en renommant les produits fabriqués à partir de MGM, produits fabriqués à l'aide de MGM. Pour ceux qui souhaitent en savoir plus, Inf'OGM a consacré un dossier de fond à ce sujet. Le principal argument mis en avant pour déréglementer ce secteur est que les MGM utilisés dans les processus de fabrication ne se retrouvent pas dans le produit final. En tout cas en théorie. En 2008, 8 tonnes de vitamine B2 d'importation ont dû être retirées du marché européen après la découverte d'une contamination par la bactérie transgénique servant à la fabriquer.
Mais depuis quelques années, des micro-organismes génétiquement modifiés sont également utilisés en agriculture, en tant qu'ingrédients actifs de produits phytosanitaires appelés biologicals. L'emploi de micro-organismes vivants dans le cadre de la lutte biologique ou biocontrôle, n'est pas une nouveauté. Le Bacillus thuringiensis (Bt) par exemple - une bactérie qui vit naturellement dans le sol ou sur les plantes - est utilisé comme pesticide microbien depuis 1920. On recense aujourd'hui trois catégories de biologicals, qui sont notamment utilisés en agriculture biologique dans la mesure où ils ne contiennent pas d'OGM: des biofertilisants, des biostimulants et des biopesticides.
Le projet de recourir à des micro-organismes génétiquement modifiés dans l'agriculture remonte aux années 1980. Mais le nombre de travaux de recherches dans ce domaine a connu une véritable flambée depuis les années 2000. Cet engouement est le résultat de plusieurs facteurs. D'une part, les préoccupations écologiques croissantes de la population et des pouvoirs publics, face aux pratiques de l'agro-industrie: destruction des sols et de la biodiversité, dangers pour la santé, "empreinte carbone". S'y ajoutent les préoccupations de la filière agricole face au développement de la résistance des pathogènes ou des "super mauvaises herbes" aux pesticides et désherbants. D'autre part, une explosion des coûts liés aux engrais et pesticides de synthèse, principalement issus de l'industrie pétrochimique. Sans négliger le coût de milliers de procès, comme ceux contre le glyphosate. Le développement et la production de biopesticides, notamment de bactéries, sont plus faciles, plus rapides et moins coûteux que ceux d'engrais de synthèse, ou de plantes OGM.
Enfin, la législation américaine, avec la révision de la réglementation SECURE en 2020, a allégé la surveillance et les contraintes sur les OGM considérés comme "présentant un faible risque". En vertu du règlement SECURE (Sustainable, Ecological, Consistent, Uniform, Responsible, Efficient - en français durable, écologique, cohérent, homogène, responsable, efficace), les microbes ne présentant pas de risque phytosanitaire peuvent être exemptés de tout contrôle. Une absence de risque qui peut être déterminée par le fabricant lui-même, qui, au nom de la confidentialité des informations commerciales, n'est pas contraint de rendre publiques les informations techniques. Dès lors que les essais en plein champ sont autorisés, aucune surveillance, ni évaluation d'impact sur l'environnement ne sont nécessaires. L'approbation des biopesticides dépend, elle, de l'EPA (Agence américaine de protection de l'environnement) qui, en l'absence de réglementation spécifique aux MGM (y compris transgéniques), ne se prononce que sur leur toxicité.
C'est cette déréglementation par l'USDA (le ministère américain de l'agriculture), qui a donné le coup d'envoi de la nouvelle ruée vers les biologicals, les biotechnologies et l'édition génétique. Les multinationales agrochimiques se sont rapidement positionnées sur ce nouveau marché, en investissant notamment dans des start-up. Bayer, par exemple, a créé une division Biologicals et conclu, entre autres, un partenariat avec Ginkgo Bioworks, en injectant 15 milliards dans cette start-up pour développer une plateforme de génie génétique automatisée appelée laboratoire autonome. La multinationale a parallèlement acquis 125 000 souches microbiennes sauvages pour ses recherches. Fortune Business Insights annonce un taux de croissance annuel de plus de 14% du marché global des produits phytosanitaires entre 2022 et 2029. Et selon le PDG de Corteva Agriscience, les biologicals représenteront 25% du marché de la protection des cultures d'ici 2035. Les MGM ont une importance clé sur ce marché, car ils permettent de déposer des brevets sur les bactéries modifiées.
Cela explique les pressions qui pèsent sur les décideurs politiques pour renoncer au principe de précaution, supprimer les garde-fous réglementaires et ouvrir le marché européen aux convoitises de l'industrie chimique. En décembre 2025, la Commission européenne a estimé qu'il y avait urgence à adapter le cadre réglementaire pour le rendre "plus efficace", et a déposé une proposition pour la Commercialisation des micro-organismes génétiquement modifiés et production d'organes. Elle prévoit une déréglementation des MGM dans la lignée de celle votée le 17 juin 2026 pour les végétaux issus des nouvelles techniques génomiques (voir notre article La trahison des eurodéputés), mais qui pourrait s'étendre aux micro-organismes transgéniques.
Les critères d'évaluation, qui s'inspirent du modèle américain, ne s'attacheraient plus au type de modification génétique, mais au risque potentiel. Les MGM jugés "à faible risque" ou justifiant d'une "présomption de sécurité", pourraient bénéficier d'une procédure d'autorisation accélérée et définitive, les exemptant de surveillance et d'étude d'impact dans le temps. La proposition a déjà été revue et validée par le Conseil de l'UE en juin dernier, et devrait être examinée par le Parlement cet automne.
Cette évolution est notamment soutenue par des organismes comme le Forum Économique Mondial (WEF) et ses milliardaires, sous couvert d'une "agriculture régénérative" et qui offrirait une alternative aux engrais pétrochimiques et réduirait son "empreinte carbone". Pivot Bio, start-up spécialisée dans la biologie synthétique, a ainsi bénéficié du soutien financier de Bill Gates et de son fond d'investissement capital-risque Breakthrough Ventures, afin de développer son tout premier produit phytosanitaire basé sur des MGM capables de fournir de l'azote. Les bactéries génétiquement modifiées pour la fixation de l'azote et pour la lutte contre les maladies et ravageurs sont en effet au cœur du nouveau marché des MGM destinés à l'agriculture.
L'azote, qui joue un rôle fondamental dans la croissance des végétaux, est un enjeu capital pour les rendements agricoles et l'industrie céréalière, et les engrais azotés sont des polluants majeurs des sols, des cours d'eau et des nappes phréatiques. La recherche s'est donc tournée en priorité vers la fixation de l'azote par des bactéries afin de stimuler la croissance des céréales par transfert. C'est en 2019 que Pivot Bio a lancé la gamme de bioproduits Proven®, déclinés pour le maïs, le blé, l'avoine, l'orge, le millet, le sorgho, et le tournesol. Selon le fabricant, ces produits à base de MGM pourraient remplacer 25% des intrants azotés. Une technologie similaire est en développement pour le soja, en collaboration avec Bayer.
Proven® contient des bactéries fixatrices d'azote génétiquement modifiées pour bloquer le mécanisme naturel d'arrêt du processus. Ces MGM sont donc destinés à fournir aux plantes de l'azote non-stop, quels que soient leurs besoins. Le fabricant ne semble pas voir l'ironie lorsqu'il déclare, "nous permettons à des micro-organismes existant à l'état naturel de fonctionner comme la nature l'a prévu". Proven® est appliqué dans le sillon lors du semis ou sur les graines.
Dès 2022, selon Pivot Bio, plus de 1,2 million d'hectares de cultures auraient bénéficié de la technologie Proven® aux USA, grâce à son programme incitatif N-OVATOR. Cela aurait permis aux fermiers de réduire leur utilisation d'engrais azotés... de 20%. Proven®40, le produit destiné au maïs, a déjà été testé sur plus de 6 millions d'hectares cumulativement (chiffres 2024). Et pourtant, aucune étude d'impact n'a été réalisée, bien que ce traitement déverse des milliards de MGM vivants au mètre carré. Aucune étude sur leur durée de vie dans le sol, leur reproduction, ni leur impact sur le microbiome ou l'écosystème. L'USDA a estimé que Proven®, obtenue par édition génétique (non transgénique), n'était pas soumise à réglementation car à faible risque, parce que la forme sauvage de la bactérie n'est pas considérée comme un agent pathogène.
Côté biopesticide, c'est BASF qui détient le produit leader avec Poncho® VOTiVO® 2.0. Initialement créée par Bayer, la gamme de traitements pour semences Poncho® VOTiVO® est disponible pour le maïs, le soja, le coton et le sorgho. La dernière version 2.0 associe un insecticide néonicotinoïde, la clothianidine (Poncho®, reconnu toxique pour les insectes et notamment les pollinisateurs), une bactérie nématicide (VOTiVO®), ainsi qu'une bactérie génétiquement modifiée pour accroître la disponibilité des nutriments du sol et leur absorption par les cultures. L'étendue de son utilisation actuelle n'est pas documentée, mais en 2017 Bayer parlait déjà de plus de 16 millions d'hectares traités chaque année avec aux États-Unis.
L'Europe aussi, bien que plus discrètement, a déjà commencé à autoriser l'épandage de micro-organismes génétiquement modifiés. La société Vestaron a obtenu une autorisation d'utilisation d'urgence pour son bioinsecticide SPEAR® LEP, en Italie, en Grèce, à Chypre et au Portugal. Il s'agit d'un insecticide à base de microbes génétiquement modifiés pour produire un peptide dérivé du venin d'araignée. Il est principalement utilisé sur les cultures de tomates sous serres, pour lutter contre la mineuse de la tomate (Tuta absoluta), devenue résistante aux insecticides utilisés précédemment.
Il semble également important de noter que le virage des multinationales en faveur du biocontrôle s'étend bien au-delà des MGM, avec entre autres un engouement simultané pour les nouvelles opportunités que représentent les traitements à base d'ARN modifié.
Malgré les millions d'hectares déjà aspergés de MGM, une question essentielle reste sans réponse: quel est leur impact sur le microbiome naturel ? Selon des informations analysées par Friends of the Earth dans un rapport de 47 pages sur les risques et préoccupations liés aux MGM, une seule application de biopesticide pourrait libérer l'équivalent de 1 milliard de MGM par m2. Même si leur durée de vie est supposée être limitée, ce sont des microbes vivants, qui possèdent la capacité de se reproduire et de transmettre leurs gènes, notamment par transfert génétique horizontal, vers d'autres micro-organismes sans lien de parenté.
Une fois les MGM lâchés dans la nature, il n'est donc plus possible de remettre le génie génétique dans sa boîte. Ils peuvent être transportés sur de grandes distances par le vent, l'eau, les animaux ou les humains et leurs modifications génétiques peuvent franchir la barrière des espèces de façon imprévisible. Il a également été prouvé qu'un transfert génétique horizontal microbien peut avoir des répercussions sur les végétaux, comme dans le cas de la maladie fongique de la tâche brune du blé, dont la souche pathogène issue d'une recombinaison génétique spontanée, s'est rapidement propagée pour devenir un problème mondial en l'espace de dix ans.
Ainsi, même si des MGM destinés à modifier le microbiome des sols ou des plantes - et souvent programmés pour résister aux pesticides, fongicides ou antibiotiques - semblent initialement bénéfiques pour les rendements agricoles, on ne peut pas prévoir leurs effets sur les écosystèmes et sur l'agriculture biologique. On ignore les risques de réactions en chaîne, qui pourraient affecter la flore, la faune et les êtres humains. Pourtant aucun suivi ni étude d'impact ne sont exigés, ni par la réglementation américaine, ni par le projet de directive européenne.
C'est ce qui a motivé 16 organisations paysannes et de protection de l'environnement, de la biodiversité et de la filière biologique, à rédiger une tribune pour interpeller le gouvernement français sur les risques d'une dérégulation de la dissémination volontaire de MGM. Publiée le 22 juillet 2026 sur le site de Mediapart, cette tribune intitulée Non à la dérégulation des micro-organismes génétiquement modifiés, appelle la France à refuser "l'effritement du cadre protecteur européen sous la pression des lobbies économiques au détriment de la protection des droits des citoyens et du Vivant".
Les signataires déplorent que le projet de directive confie à la Commission européenne le pouvoir de déterminer les critères de risque et "ne prévoit pas de mesures efficaces pour éviter que ces MGM ne contaminent les champs ou les productions de ceux qui ne souhaitent pas en utiliser, pas plus qu'elle ne prévoit de dispositions en matière de responsabilité fondées sur le principe du pollueur-payeur". Paysans et consommateurs sont "rendus aveugles face à des potentielles contaminations" et "incapables de prévenir ou de répondre aux risques sanitaires et environnementaux".
Notre compréhension de l'écologie microbienne est encore très limitée. Bien que labellisées "biologiques, naturelles ou écologiques", les nouvelles solutions de biocontrôle à base de MGM ne se préoccupent pas de restaurer la vie du sol, ni la santé du microbiome. Elles perpétuent au contraire une approche réductionniste, qui cherche à pallier la disparition de la vie microbienne - détruite par le suremploi d'engrais et pesticides de synthèse - par une nouvelle dépendance envers des intrants 2.0.
Avec les mêmes multinationales aux commandes, la ruée vers le biocontrôle ressemble plutôt à une fuite en avant productiviste qu'un retour à la raison. Les micro-organismes génétiquement modifiés n'ont pas démontré ni qu'ils étaient plus efficaces que les microbes naturels et une approche agroécologique, ni qu'ils pourraient remplacer le recours aux engrais pétrochimiques. On assiste au contraire au développement de plateformes intégrées, combinant par exemple des semences OGM, des engrais, des pesticides et du biocontrôle. Enfin, contrairement aux solutions holistiques, leur impact pourrait mettre les écosystèmes en péril.
En poussant à la déréglementation des MGM, scientifiques, lobbys privés et technocrates jouent donc aux apprentis sorciers. Ils appréhendent la vie comme un logiciel qui peut être hacké, reprogrammé et contrôlé. Un fantasme de l'Homo deus, célébré par Yuval Harari, mascotte du Forum Économique Mondial, un homme qui revendique la capacité divine de créer - et détruire - la vie. La suite est entre nos mains. Les laissera-t-on faire un hold-up sur le vivant?
À lire également les deux premiers volets de notre dossier NTG: nouvelle menace OGM sur l'Europe consacrés à la déréglementation des végétaux issus des nouvelles techniques génomiques:
#1 - La trahison des eurodéputés #2 - Les manœuvres du lobby agro-chimique